Mac OS X 10.3.9 アップデートが出ていました。ソフトウェア・アップデートから。
<追記>
どうも今回はトラブルがあるようです。特定のソフトが起動できなくなったら、「Mac OS X Combined Update 10.3.9」でインストールし直すとよいようです。もしかすると、パーミッションの修復も必要です。「AcidSearch」がインストールされているとSafariが起動しないようです。「AcidSearch」のインストーラでアンインストールします。
<追記2>
Apple、Mac OS X v10.3.9のJava問題を解決する方法を公開
<追記3>
対策として「Java アップデート for Mac OS X v10.3.9」がでました。